Hola, has acertado con los comandos.
cp copia un archivo y
mv mueve un archivo
Por ejemplo pongamos que tu usuario en pure-ftpd es "user", para copiar un archivo deberias hacer
# cd emule/incoming/files
# cp archivo1 /home/user
para moverlo
# mv archivo1 /home/user
Y si quieres copiar una carpeta puedes usar la opcion -R
# cp -R dir1 /home/user
Aqui tienes la pagina man del comando cp
http://nixdoc.net/man-pages/FreeBSD/cp.1.html