Hola de nuevo
La idea de utilizar un fichero temporal es bastante buena siempre y cuando trabajes correctamente con el.
En este manual
http://www.yolinux.com/TUTORIALS/ForkExecProcesses.html aparece el siguiente ejemplo que trabaja de la misma forma que el tuyo.
#include <stdio.h>>
main()
{
FILE *fpipe;
char *command="ls -l";
char line[256];
if ( !(fpipe = (FILE*)popen(command,"r")) )
{ // If fpipe is NULL
perror("Problems with pipe");
exit(1);
}
while ( fgets( line, sizeof line, fpipe))
{
printf("%s", line);
}
pclose(fpipe);
}